本科论文查重率合格标准的制定依据是多方面的。首先，应考虑学术界对于学术诚信和学术规范的要求，确定合理的查重率标准。其次，可以参考国家相关部门的规定和文件，如教育部有关学位论文管理的文件，以及学术期刊对于查重率的要求。此外，还应考虑学校内部的管理规定和要求，结合学校的实际情况，制定适合本校的查重率合格标准。最后，还需考虑论文查重系统的具体要求和技术指标，确保制定的标准符合系统的检测能力和要求。

确定本科论文查重率合格标准的制定依据需要综合考虑多方因素。首先，应当考虑学术界对于学术诚信和学术规范的要求，以及国家相关部门的规定和文件。其次，需要结合学校内部的管理规定和要求，制定适合本校的查重率合格标准。最后，还需考虑论文查重系统的具体要求和技术指标，确保制定的标准符合系统的检测能力和要求。综合以上因素，可以科学合理地确定本科论文查重率合格标准的制定依据。