本科论文查重率合格标准与学生自主性的关系是一个复杂而微妙的话题。一方面，高查重率合格标准可能会限制学生的创新和独立思考能力，使他们更倾向于套用他人的观点和结论，从而降低了学术水平和原创性。另一方面，适当的查重率合格标准可以促使学生更加注重学术诚信，避免抄袭和剽窃他人成果。因此，要找到两者之间的平衡点，既要保证论文的原创性和学术水平，又要培养学生的自主性和创新能力。

本科论文查重率合格标准与学生自主性之间存在着密切的关系。查重率合格标准的制定直接影响着学生对待学术研究的态度和方法。如果查重率合格标准过高，学生可能会过度注重避免抄袭而忽略了自己的独立思考和研究能力；反之，如果查重率合格标准过低，可能会导致学术不端行为的泛滥。因此，合理设定查重率合格标准，可以激发学生的学术热情和自主性，促进其全面发展。