当本科论文查重率过高时，首先要冷静分析原因。可能是因为文献引用过多、专业术语使用频繁、结构雷同等。接下来，可以向指导老师请教，了解具体查重结果。如果认为查重率不合理，可准备相关证据，如草稿、参考文献等，向学院教务部门提出书面申诉。申诉时要客观陈述事实，坚持自己的观点，最终等待学校的处理结果。

另外，本科论文查重率过高时，也可以考虑寻求第三方机构的帮助，如找专业的论文检测机构进行再次检测，以证明原论文的合法性。同时，可以向学术指导专家或学术论坛求助，寻求专业意见。在整个申诉过程中，要保持耐心和理性，合理维护自己的权益。